「明訓」の歴史は、大正十年（１９２１年）向学の念に燃えた勤労青年が、中学校（旧制）程度の学力を身につけたいと、働きながら学んだ新潟夜間中学講習会に始まります。この講習会は、好学の志を持った勤労青年たちが、自ら小学校の校舎を借り、自分たちで先生をお願いして始めたものです。このように、学校の創設も、その経営に当たったのも学ぶ生徒達自身でした。本校の建学の精神「好学・自治」は、ここに始まりました。

校名の「明訓」は、明治十五年に勤皇の志士大橋一蔵先生が弥彦の地に創設された「明訓塾」の名称に由来します。本校は、この精神とともに校名を引き継がせていただきました。
「明訓塾」では、西欧化一辺倒の文明開化の時流に流されることなく、我が国古来の伝統に立脚した独自の文化を築くことのできる人材の育成が目標でした。「明訓」の名は、明治十四年の国会開設の勅論にある「宜しく今に及んで謨訓(ぼくん)（国家の大計）を明徴(めいちょう)（明確な証）にして…」に由来すると言われています。

爾来九十余年、生徒自身が作った学校という建学の精神を柱に、「好学・自治・協力・質実・奉仕」の校訓のもと、三万余名の卒業生を送り出し、本県の中等教育において確たる役割を果たしてきました。
「明訓」は、平成十六年、手狭だった川岸町から、ここ亀田の地に移転しました。移転に当たって、亀田駅東口から至近距離の八万平方メートルの校地に、近代的な校舎を建設しました。新校舎は、音楽ホール、講堂、個別化した図書閲覧室、全面人工芝のグランド、野球場、テニス コート、弓道場など、学ぶための設備が充実しており、中学、高校合わせて千五百人を超える生徒達が、勉強はもちろん、スポーツや文化活動に取り組み、成果を上げています。
平成１９年には、新潟明訓中学校を開校し、併設型の中高一貫教育を開始。卒業生からは、東大や医学部医学科など、難関大学へ進む者が増えています。
中高一貫生も含め、進学実績は県内トップクラスの実績をあげています。

本校のもう一つの特徴は、活発な部活動です。高校では、特に力を入れているⅢ類指定の野球・陸上競技・サッカー・剣道（男子）は、新潟県をリードする存在として、全国でも活躍しています。
他の運動部や文化部には、多くの生徒が参加し、明訓祭や体育祭など多彩な学校行事で活躍するとともに、全国大会で活躍するなど、活気ある学校生活を楽しんでいる姿が見られます。